为了救神谷薰武井咲饰绯村剑心佐藤健饰纵身跃入大海昏迷中他飘到某座小岛最终为传授了他飞天御剑流的师父比古清十郎福山雅治饰所救深感到自身与志志雄真实藤原龙也饰的巨大差距为了拯救全日本剑心恳请师傅传授他飞天御剑流的最高奥义与此同时志志雄剑指东京迈出武力夺国的下一步他强迫伊藤博文小泽征悦饰对刽子手拔刀斋发布全国通缉令得知消息的薰左之助青木崇高饰则匆匆向东京赶去再度上路的剑心率先遭到御庭番众的首领四乃森苍紫伊势谷友介饰的阻击他一路披荆斩棘将迎来与宿命的对手志志雄最终的对决…
　　本片根据和月伸宏的同名经典漫画改编