鱼故事讲述在女主角华织与两同伴到冲绳海边旅游在别墅中她们竟然发现一条有脚的鱼虽然华织用桌子把它砸死并扔掉但腥臭却还在而且鱼的尸体也不翼而飞女主角被尸臭感染最终死去世界也被鱼身上的脚所占领成千上万的人都被鱼身上的脚所控制是一个灾难性的故事动画版的鱼和漫画版原作基本保持了相同的故事主线只是对其中部分人物和叙事顺序进行了改动女主角华织与其好友亚纪惠理香去冲绳海边进行毕业旅行意外发现一种散发恶臭的步行鱼随着时间的推移步行鱼开始大量在冲绳附近海岸登陆担心未婚夫阿忠的华织只身回到东京发现那里也变成了步行鱼的天下在飞机上与华织相识的记者白河为了能获得更多有关步行鱼的信息而与华织一同前往寻找阿忠在经历了一系列与步行鱼生物的激烈对抗后二人终于抵达了阿忠叔叔小柳教授的研究室白河拿到了小柳对于步行鱼的绝密研究华织也在研究室内发现了被不明病毒感染的阿忠华织和白河从小柳口中得知原来步行鱼是日本在二战时期研究的秘密武器但运载其的舰船被炸沉在冲绳附近海域这种秘密武器还带有一种神秘病毒感染的生物将会在身体内部产生大量瓦斯从而推动步行机器的运动已经感染的阿忠失去了控制刺死了小柳华织和白河追随其来到了大街上此时绝大部分的人都遭到了感染变成了全身肿胀且不停喷出恶臭瓦斯的惨状华织的朋友惠理香变成了步行感染者亚纪葬身于步行鱼池中阿忠受到其他感染者围攻而死白河也受到了感染最后只有华织一人得以逃脱和其他未被感染者一起乘船离开日本然而在影片的最后步行感染者已经遍布了全世界面对着的充满瓦斯的世界华织只能轻叹着我已经习惯了……