1992年一架飞碟突然出现日本上空飞碟走下三名自称时来自23世纪地球联邦机构的官员他们要求直接与日本首脑对话敦促日本尽快消灭哥斯拉防止重蹈未来亡国的命运
　　专事研究各种神秘事件的寺泽健一郎丰原功补饰在未来写过哥斯拉诞生一书其中披露了这只恐怖怪兽诞生的秘密根据这本书的记载未来人提出要健一郎曾在太平洋战争期间目击哥斯拉的恐龙专家真崎洋典佐佐木胜彦饰以及国家超科学研究中心成员三枝未希小高惠美饰乘坐时光机返回1944年的拉哥斯小岛试图将哥斯拉传送到别的地方
　　寺泽他们的行动取得成功但是20世纪却出现了另一头怪兽三头金龙王种种诡异事件的背后可怕的危机遽然降临……