在旅行的列车上美雪铃木杏饰再次邂逅了金田一松本润饰并追随于他同伴用手中的DV记录着发生的一切某夜一个木偶团长不幸被害案发后警探发现他原本在车厢里的尸体不翼而飞于是引起了一阵骚乱探长决定在一家酒店暂时住下找寻犯罪嫌疑人金田一等人也一同前往后来根据案情嫌疑人被锁定在木偶团体成员之中探长想通过体重以缩小搜查范围但是一个女成员的意外死亡却让金田一发现了隐藏的秘密并由此揭开了一桩尘封多年的旧案真相……本片根据天树征丸的漫画改编除上述特别版魔术列车杀人事件外还包括以下6个事件分别为幽灵客船杀人事件法兰西银币杀人事件黑死蝶杀人事件速水玲香诱拐杀人事件魔术的森杀人事件和露西亚人形杀人事件