強納森是一名棄嬰，剛出生就被放置在孤兒院前，幸好一名船長認養了他，並供給他唸寄宿學校。只是聰明但又調皮的強納森連續被五個學校退學，養父最後幫他找到一所「聖湯瑪士合唱寄宿學校」。強納森在機場見一隻狗被主人遺棄，便將牠帶往學校，但因學校禁止養狗，在室友的建議下將小狗養在他們的秘密基地──一座以拖車蓋成的屋子。沒想到此時來了一名自稱是巴布的人，謂此處是他的產業。眾人無奈離去，但巴布似乎認得學校教音樂的波克老師，遂答應照顧小狗，而且也歡迎眾人到「秘密基地」玩。