故事讲述的是一群疯狂的科学家为了自己的梦想研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦但当超梦醒来后却因无法找寻到真正的自我而暴走火箭队的老大出现在超梦的面前用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事但没过多少时间超梦再次对自我感到迷茫超梦回到那个复制它的岛屿决定开始它的复仇之战…