接續前作哥吉拉X機械哥吉拉的故事一年前與哥吉拉Godzilla的決戰機龍機械哥吉拉Mechagodzilla受損程度37%失去了右腕及終極武器絕對零度炮 維修組員中條義人在八王子基地負責修復機龍的工作某日中條在他叔叔信一的別墅家渡假時嬰兒島的小美人精靈竟然出現在他們眼前小美人給他們一個忠告:人類用哥吉拉骸骨製造出機龍是個嚴重的錯誤如果出動機龍摩斯拉就會變成人類的敵人於是信一設法說服老友也是身為總理大臣的五十嵐希望能中止機龍的計劃但就在此時太平洋又出現哥吉拉的影蹤…
